La trayectoria de la Hermandad del Santo Cristo de Gracia en el primer tercio del siglo XIX viene marcada por las vicisitudes de la comunidad trinitaria. La entrada de las tropas francesas el 7 de junio en nuestra ciudad resulta funesta por los atropellos y saqueos cometidos de los que también serán víctimas la iglesia y las dependencias conventuales.
Con la retirada de las tropas francesas a los diez días se normaliza la situación, pero los estragos llevados a cabo quedan en la memoria de los religiosos que toman la iniciativa, de acuerdo con la hermandad del Santísimo Cristo de Gracia, de sacar la imagen en procesión de rogativa patriótica el 22 de diciembre de 1809, siendo secundada la convocatoria por numerosos cordobeses de todas las capas sociales.
La hermandad de la Santísima Trinidad y Santo Cristo de Gracia se ve afectada por la exclaustración de los religiosos el 10 de febrero e 1810, decretada por el gobierno de José I. Tras un paréntesis de más de tres años, regresan los frailes a la clausura y con este motivo celebran una solemne función de iglesia el 25 de julio de 1813. La tarde anterior se trasladan en procesión las imágenes del templo trinitario que habían sido distribuidas en distintas iglesias. La normalización de la vida comunitaria en el convento de Nuestra Señora de Gracia repercute positivamente en la hermandad del Cristo de Gracia que tendrá una notoria vitalidad en los lustros siguientes. Con motivo del jubileo de Año Santo concedido por León XII en el año 1825, la hermandad organiza salidas de rosarios públicos para ganar las indulgencias en marzo de 1826. Este dinamismo volverá a quedar truncado con la exclaustración de los religiosos en agosto de 1835., si bien la iglesia permanece abierta al culto, gracias a los denodados esfuerzos de la hermandad que contribuye a pagar los gastos de sostenimiento.
La recuperación de la procesión del Santo Entierro por la corporación municipal a mediados del siglo XIX significa la incorporación de la imagen del Cristo de Gracia a la Semana Santa cordobesa acompañada por los hermanos de la cofradía. En el año 1866 los hermanos del Cristo de Gracia vestirán en la procesión oficial túnicas blancas y negras costeadas por el ayuntamiento. La precaria situación económica que vive la hermandad obligará a pedir ayuda económica al municipio en 1865 para restaurar la imagen titular.
Durante la etapa de la Restauración la cofradía del Cristo de Gracia participa con su titular en la procesión oficial del Santo Entierro, hasta que a finales de este siglo XIX, dejan de hacerlo al extinguirse la hermandad, si bien, la imagen sigue saliendo en la procesión oficial acompañada por las personas y corporaciones invitadas por el ayuntamiento. Además de en el desfile oficial del Santo Entierro, el Cristo de Gracia recorre las calles de la ciudad el Jueves Santo de los años 1891, 1892 y 1893 junto a las Angustias en salidas procesionales que corren a cargo de esta última hermandad.