En abril de 1900 el obispo José Pozuelo y Herrero autoriza el restablecimiento de los trinitarios en nuestra ciudad y en septiembre de 1903 el superior de la comunidad toma posesión de la iglesia y convento. A raíz de la instalación de los trinitarios se reorganiza en 1905 la Pía Asociación de la Santísima Trinidad y Santísimo Cristo de gracia. Los religiosos pretenden impulsar y potenciar el culto y devoción al misterio de la Trinidad, aprovechando el arraigo popular del Cristo de Gracia que sale en al procesión del Santo Entierro. Los estatutos se elaboran el 4 de junio de 1905 y en agosto del mismo año son aprobados por la autoridad eclesiástica. Esta reorganización tendrá una existencia fugaz ya que en 1909 queda prácticamente disuelta hasta que en enero de 1913 se pone de nuevo en marcha. Los esfuerzos realizados por impulsarla cosechan los frutos deseados rápidamente ya que en 1916 se decide vestir hábito nazareno en la procesión del Santo Entierro, iniciándose una etapa de pujanza. A partir del año 1937 el Cristo de Gracia procesiona en el desfile oficial del Santo Entierro y poco después pasa definitivamente la hermandad a realizar la estación de penitencia el Jueves Santo.
La reorganización llevada a cabo en marzo de 1942 supone la potenciación de la cofradía en los lustros siguientes. Así en el año 1942 se sustituye el hábito penitencial de tisú de planta por el blanco y negro del atuendo trinitario. En el año 1948 se crea una banda de cornetas y tambores y dos años más tarde se instauran los cultos mensuales en la capilla del titular en la que se realizan importantes obras de restauración. La trayectoria de la hermandad del Cristo de Gracia desde 1955 hasta nuestros días ofrece rasgos comunes con la mayoría de las cofradía de penitencia, manteniendo estrechos vínculos con distintos colectivos de la ciudad, plasmados en el nombramiento de hermanos de honor al Real Centro Filarmónico Eduardo Lucena y la Federación de Peñas cordobesas. En el año 1982 se piensa en construir un nuevo paso para el Cristo, encargándose tal tarea a Miguel Arjona Navarro. Para el diseño, el autor propuso inspirarse en el arte gótico que, en su opinión, resultaba el más apropiado. Este nuevo paso comienza a procesionar en el año 1985 aunque fue terminado en el año 1989 y sus elementos figurativos se centran básicamente en las principales devociones cordobesas, la orden trinitaria y la Virgen de Guadalupe, completándose el programa con los arcángeles y con San Álvaro, patrón de las hermandades y Cofradías de nuestra ciudad.
En el año 2007, la hermandad crea una Agrupación Musical con el nombre de su Titular que debuta acompañando a la procesión de la Santa Cruz que organiza su Grupo Joven. Esta formación debutaría el Martes Santo del año 2008 en nuestra Semana Santa acompañando al titular de la hermandad del Prendimiento desde su salida hasta su llegada a la Santa Iglesia Catedral.